海藻糖是一種較多存在于低等蕨類植物、藻類、細菌、fungus、酵母、昆蟲及無脊椎動物中的天然物質。在fungus中，特別是酵母和霉菌中，海藻糖的含量可以高達生物體干重的20%以上。

為了有效提取和利用海藻糖，人們進行了大量的研究工作，并開發了多種制備方法。目前海藻糖的制備方法包括化學合成法、微生物提取法、微生物發酵法、酶合成法、基因工程法等。

微生物發酵法

通過微生物發酵生產海藻糖，再從發酵液中提取純化。其關鍵是通過誘變、細胞融合及基因重組等方法選育高產海藻糖的菌株。日本味之素公司，利用氨基酸生產菌體外培養大量生產海藻糖，已實現工業化生產，但該法轉化率低、副產物多。

微生物提取法

以酵母、乳酸菌、霉菌及其它含海藻糖的微生物為提取源，首先通過改變微生物的生長條件，使其體內積累更多的海藻糖，然后采用適當的方法將海藻糖提取出來。微生物提取法生產海藻糖生產周期長，提取率低，成本高，很難實現大規模工業化生產。

酶合成法

以葡萄糖、麥芽糖、淀粉為底物，三種方法，但存在消耗高能，且磷酸化酶不穩定等問題，因而也難以實現工業化生產。

基因工程法

將海藻糖合成酶的基因導入植物或微生物，可利用工程微生物或轉基因植物生產海藻糖。

化學合成法

2,3,4,6 -四乙酰基葡糖和3,4,6-三乙酰-1,2-脫水-D-葡糖之間產生環氧乙烷加成生成。該法制備海藻糖的缺點是產率低、分離困難，目前還處于研究階段。